Rafael Vegas nació en Caracas el 4 de diciembre de 1908.
Sus padres: Dr. Luis Vegas Sanabria, médico, y Doña María Sánchez Navarro de Vegas. Sus hermanos: Luisa Amalia Vegas de Vegas, Martín Vegas, María Teresa Vegas de Rolando, Sofía Vegas de Kerdel, Luis Felipe Vegas y Armando Vegas. Era él, el menor.
Cursó el Primer Grado de Primaria en la Escuela del Carmen de las señoritas María y Lucrecia Ugueto, y el resto de la Primaria en la Escuela Anexa a la Normal de Hombres. La Educación Secundaria la cursó en el Liceo Caracas, a excepción de un año que hizo en el Colegio de los Padres Salesianos.
Cursaba en la Universidad Central de Venezuela el 4° Año de Medicina cuando ocurrieron los sucesos estudiantiles del año 1928, en que participó resueltamente. Estuvo en el primer grupo de presos del Castillo Libertador, en Puerto Cabello. Luego tomó parte en el intento de asalto al Cuartel San Carlos, después de lo cual logró salir de Venezuela, y se fue a París a reanudar los estudios de Medicina.
Al año siguiente regresó a Venezuela en la Expedición del Falke, que desembarcó en Cumaná el 11 de agosto de 1929.
Después del desastre de Cumaná estuvo huyendo por el Oriente de Venezuela, hasta fines de octubre de 1930 cuando logra pasar a Trinidad. Pero al poner pie en tierra fue hecho preso por las autoridades inglesas de la isla, encarcelado con presos de alta peligrosidad, y se le siguió juicio. Cuando quedó en libertad, se vio obligado a quedarse varios meses en Trinidad, a donde fue a cuidarlo su madre, porque él se encontraba muy mal de salud. En la primavera de 1931 vuelve a París en donde permanece hasta el término de sus estudios de Medicina.
En 1953, severos quebrantos de salud lo obligan a abandonar su Consultorio Psiquiátrico. En noviembre de 1953 vuelve como alumno a la Universidad Central de Venezuela al anunciarse la apertura de la Escuela de Educación adscrita a la Facultad de Humanidades.
En 1957 es nombrado Profesor de la Facultad de Humanidades y Educación, cargo al que renuncia el 28 de febrero de 1958 “por la incorrecta manera como habían sido tratados algunos Profesores con la autorización y casi aplausos de algunas Autoridades Universitarias”. En 1964, con el cierre del Sanatorio Altamira, termina su actividad médica profesional.
El 25 de julio de 1970 transforma el Colegio Santiago de León de Caracas en la Fundación Santiago de León de Caracas exenta por consiguiente de cualquier finalidad de lucro.
De su matrimonio tuvo dos hijas: María Corina Vegas de Paterson y Helena Sofía Vegas de Carrera.
